El programa de Maestría en Ciencias Agropecuarias cuenta con cuatro líneas de generación y aplicación del conocimiento, alineadas a las LGAC de los Cuerpos Académicos de la Facultad de Agronomía y Veterinaria, a saber:

• Sistemas de Producción de Hortalizas

• Sistemas de Producción de Rumiantes

• Fisiopatología y Salud Animal

• Manejo de Recursos Bióticos.