La investigación en la Facultad de Agronomía y Veterinaria la realizan principalmente los profesores-investigadores de tiempo completo (PTC) de manera individual y colegiada. Cada PTC cuenta con una o varias líneas de investigación las cuales desarrollan en colaboración con estudiantes de licenciatura y posgrado. Asimismo, los PTC´s que comparten una o varias líneas de generación o aplicación innovadora del conocimiento (LGAC) trabajan de forma colegiada en grupos de investigación llamados Cuerpos Académicos (CA), figura reconocida oficialmente por la Secretaria de Educación Pública (SEP).