La organización del Programa se apega al Reglamento General de Estudios del Posgrado  de la UASLP y es la siguiente:

• Un Consejo de Posgrado

• Un Jefe de Posgrado

• Un Comité Académico del Doctorado en Ciencias Agropecuarias

• Un Coordinador Académico del Doctorado en Ciencias Agropecuarias

• Subcomité Tutorial (uno por alumno)